En función de estos objetivos, el mandato de la institución encargada de administrar el seguro de depósitos puede variar.

Se pueden encontrar desde meras ventanillas de pago de los montos asegurados, hasta sistemas con mandatos mucho más amplios que incluyen la evaluación de riesgos sistémicos, riesgos operativos, resolución de quiebras de instituciones financieras, e incluso en algunos casos ser regulador y supervisor bancario.

Existen diferentes mecanismos que contribuyen a mantener  la estabilidad financiera de los países, la asistencia financiera del Banco Central, la supervisión y regulación, la intervención y el sistema de seguro de depósitos. Por otra parte, los Sistemas de Seguro de Depósitos se van adaptando a nuevas tendencias. La distribución de estas funciones es una cuestión adjudicada de acuerdo a la elección de la política pública y administrativa de un país, además reflejan su idiosincrasia, las tradiciones de cada país y su legislación vigente.

Otros objetivos que se suelen buscar pueden apuntar a la resolución ordenada ante la caída de instituciones financieras, administrar los activos y pasivos surgidos tras una crisis, proveer de un esquema de incentivos para una mejor administración de riesgos en las instituciones financieras, y que el sistema financiero en su conjunto contribuya a solventar los costos de las quiebras y crisis 

Una función importante de algunos sistemas de seguro es lo relacionado con la liquidación de bancos en problema o en proceso de quiebra. Aproximadamente 40% de los sistemas actuales cuentan con la capacidad legal para determinar la liquidación de instituciones. Por su parte, más de la mitad de los esquemas vigentes otorgan el poder al organismo de seguro para llevar a cabo la liquidación formal de los bancos que se encuentran en quiebra o de dar asistencia financiera a bancos en problemas. Casi la mitad, tiene la capacidad de adquirir y/o asumir los pasivos relacionados a una institución en proceso de liquidación.